由于管理不善以及禽畜糞便的任意排放，禽畜糞便污染江河湖海和地下水等環境問題屢有發生。飼養場禽畜糞便對環境造成的污染，已經引起政府的高度重視和人們的廣泛關注。發酵以及分解畜禽糞便：發酵以及分解畜禽糞便是生產拮抗型生物有機肥的首要階段，主要是將收集好的畜禽糞便投入發酵池，同時加入適量的分解菌，讓畜禽糞便快速進行分解、發酵。
同時，發酵時會釋放大量熱量，導致發酵池溫度上升，可達到60～70 ℃，在這種環境中大量的細菌與其他有害生物會被滅殺，進而達到無害化處理的目的。
拮抗型生物有機肥主要是利用畜禽糞便，加入分解菌使其發酵并分解，然后加入拮抗性微生物讓分解物再次發酵，期間再加入適當配比的無機營養以及一些化學合劑，進而達到一種科學的配比。通過該過程就可以得到含有大量功能性微生物的拮抗型生物有機肥。

一般來說有機肥設備主要分兩部分，發酵和造粒。用到的設備主要有造粒機設備、畜禽糞便處理系統、半濕物粉碎機、對輥擠壓造粒機、烘干系統等。
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